보건의료노조는 5월 14일을 기점으로 홍명옥 위원장을 비롯한 본조 임원, 실장, 각 지역본부장들로 구성된 중앙집행위원회를 투쟁본부체제로 전환했다. 투쟁본부 명칭은 <의료법 개악저지! 한미 FTA 무효화! 비정규직 철폐! 산별 5대 협약 쟁취와 2007년 투쟁 승리를 위한 보건의료노조 투쟁 본부>이다. 보건의료노조는 5월 말부터 대정부 대국회 투쟁을 본격 진행하며 특히 의료법 개악안 국회 통과를 저지하기 위해 6월 임시국회에서 총파업을 포함한 총력 투쟁 방안을 심도깊게 논의하고 있다.